Aqui também se faz ciência - Parte II: O Genoma do Câncer

Dr. Andrew Simpsom, bioquímico

do Instituto Ludwig

 e coordenador do projeto

Em 1999, a rede ONSA lançou o Projeto Genoma Humano do Câncer (Human Cancer Genome Project - HCGP), área do Genoma Humano de alta competitividade no cenário internacional, com o objetivo inicial de produzir meio milhão de expressed sequence tags (ESTs), de tecido tumoral humano. O Projeto HCGP, uma parceria financeira entre a FAPESP e o Ludwig Institute for Cancer Research (Instituto Ludwig para Pesquisa sobre o Câncer), envolveu o trabalho conjunto de cerca de 29 laboratórios paulistas, por dois anos (http://www.ludwig.org.br/ORESTES/grupos.html).

Tecidos tumorais humanos foram analisados para a identificação de genes expressos na caracterização de ESTs pelo método ORESTES (open reading frame expressed sequence tags). Esta metodologia privilegia a porção central dos genes, pelo uso de oligonucleotídeos (primers) arbitrários, não degenerados, em condições de baixa estringência, em reações de PCR antecedidas de uma reação de transcrição reversa.

MegaBace 1000‰

Aliado a esta metodologia que detecta posições centrais de genes expressos, o sucesso do Projeto deveu-se ao investimento em seqüenciadores de última geração, ainda mais potentes que os utilizados em projetos anteriores no Brasil, os seqüenciadores automáticos multi-capilares, MegaBace 1000‰ (Amersham BioSciences). A utilização deste equipamento, capaz de seqüenciar 96 seqüências em cerca de 3 horas, fez com que o Projeto atingisse em menos de um ano a meta inicial de seqüenciar 500.000 seqüências, sendo então expandida a meta inicial para 1 milhão de seqüências, para o período total do Projeto. Na realidade mais de 1 milhão de ESTs foram seqüenciadas, tendo sido o resultado criteriosamente avaliado pelo Centro de Bioinformática, que além da qualidade técnica do seqüenciamento, baseado no Programa computacional phredPhrap (Washington University), checava possíveis contaminações dos reads de ESTs com seqüências de vetores plasmidiais e de bactérias utilizados no procedimento metodológico.

Somente sequências com padrões de qualidade estabelecida foram computadas para constituir o banco de dados do HCGP (http://www.ludwig.org.br/ ORESTES). Até o momento 823.987 sequências ORESTES do Banco HCGP estão depositados no GenBank – National Center for Biotechnology Information, EUA, sendo acessíveis publicamente no website http://www.ncbi.nlm.nih.gov, busca em <nucleotide>, com a palavra-chave ORESTES.